Трудно сказать, насколько верный вывод Вы сделали, поскольку обстоятельств ситуации Вы не описали.
Если вышел в сентябре и причина его отсутствия оказалась неуважительной, то увольнение может быть сентябрем? В табеле останется НН? А если, так и не вышел до сентября и причины неизвестны, то нельзя увольнять?
Да, совершенно верно. Думаю, что после установления неуважительных причин отсутствия на работе и вынесения решения о дисциплинарном взыскании в виде увольнения, обозначение "НН" в табеле вполне допустимо исправить на "ПР", соблюдая правила исправлений в первичных документах (аккуратно зачеркнуть, указать верное значение и заверить исправление подписями ответственных долж.лиц)